← Вернуться к чтению

DnaA · P03004

Коротко

DnaA — белковая запись P03004 из UniProt для Escherichia coli (strain K12) (NCBI 83333). В сохранённой версии последовательность содержит 467 аминокислот. [1]

Основание утверждения

Аннотация источника

Где проверить это утверждение

uniprot-P03004
Captured UniProt JSON: primaryAccession, organism, sequence and FUNCTION comments
Читать раздел →
Сохранить, исследовать и проверить версию

Редакционный черновик · ожидает рецензирования

Задать вопрос по этому материалу
На этой странице

Знакомство с белком

DnaA участвует в запуске репликации бактериальной хромосомы. В аннотации UniProt описано его связывание с областью начала репликации oriC и определёнными участками ДНК, называемыми DnaA-боксами. АТФ-связанная форма помогает образованию комплекса и разделению цепей в области начала репликации. Так можно отличить запуск процесса от последующего копирования ДНК полимеразами.

[1]
Основание утверждения

Редакционный синтез

Где проверить это утверждение

uniprot-P03004
Captured UniProt JSON: primaryAccession, organism, sequence and FUNCTION comments

Состояние связанного нуклеотида имеет функциональное значение: UniProt различает формы DnaA с АТФ и АДФ и их способность инициировать репликацию. Часть структурных сведений выведена по сходству, поэтому основания отдельных аннотаций нужно сохранять. Выбранная запись P03004 относится к E. coli K-12, NCBI 83333. Она не даёт права без проверки подменять этот объект конкретным производным штаммом MG1655.

[1]
Основание утверждения

Редакционный синтез

Где проверить это утверждение

uniprot-P03004
Captured UniProt JSON: primaryAccession, organism, sequence and FUNCTION comments

Инициация начинается в определённом участке ДНК

Сохранённая запись описывает связывание DnaA с участками oriC и сборку комплекса инициации. Форма со связанным АТФ участвует в открытии участка расплетания ДНК; переход к форме со связанным АДФ меняет способность инициировать репликацию. Источник связывает последующие события с образованием реплисомы. Поэтому DnaA помогает определять, где и когда начинается копирование, а ДНК-полимеразы выполняют дальнейший синтез. Объяснение инициации учитывает состояние белка и участок ДНК, а не только название белка.

[1]
Основание утверждения

EcoGenesis

Где проверить это утверждение

uniprot-P03004
Retained UniProt JSON: comments[commentType=FUNCTION], selected accession and entry version as recorded in evidence

Учебная схема

Основание утверждения

EcoGenesis

    Собственная учебная схема связи из сохранённой аннотации FUNCTION; измеренные скорость, геометрия и результат эксперимента не показаны.
    1. oriC

      Начало репликации

    2. DnaA со связанным АТФ

      Сборка комплекса инициации

    3. Реплисома

      Аппарат дальнейшего копирования

    • oriC → DnaA со связанным АТФ: связан с
    • DnaA со связанным АТФ → Реплисома: связан с

    Что известно о функции

    Функция: текст и доказательства UniProt (EN)

    Посмотреть структурированные данные
    Текст источника
    Plays an essential in the initiation and regulation of chromosomal replication. Binds in an ATP-dependent fashion to the origin of replication (oriC) to initiate formation of the DNA replication initiation complex once per cell cycle (PubMed:3036372). Binds the DnaA box (consensus sequence 5'-TTATC[CA]A[CA]A-3') and separates the double-stranded (ds)DNA (PubMed:3036372, PubMed:18216012). Forms a right-handed helical filament on oriC DNA; dsDNA binds to the exterior of the filament while single-stranded (ss)DNA is stabiized in the filament's interior (By similarity). The ATP-DnaA-oriC complex binds and stabilizes the upper strand of the AT-rich DNA unwinding element (DUE) (PubMed:18216012). Mutagenesis of residues that line the central pore blocks dsDNA strand separation (PubMed:18216012). Subsequent binding of DNA polymerase III subunits leads to replisome formation (PubMed:3036372, PubMed:18216012). The DnaA-ATP form converts to DnaA-ADP; once converted to ADP the protein cannot initiate replication, ensuring only 1 round of replication per cell cycle (PubMed:3036372). Binds ATP, ADP and dATP equally well, hydrolyzes ATP with a half-life of about 15 minutes, ATP hydrolysis is not required for pre-priming replisome formation, nucleotide exchange is very slow (PubMed:3036372). Binds acidic phospholipids (PubMed:9478970, PubMed:26272946). DnaA inhibits its own gene expression (PubMed:2981626) as well as that of other genes including dam, rpoH (PubMed:2540187), ftsA and mioC
    Язык источника
    en
    evidence codes
    • evidenceCode
      ECO:0000250
      Источник
      UniProtKB
      id
      O66659
    • evidenceCode
      ECO:0000269
      Источник
      PubMed
      id
      18216012
    • evidenceCode
      ECO:0000269
      Источник
      PubMed
      id
      2540187
    • evidenceCode
      ECO:0000269
      Источник
      PubMed
      id
      26272946
    • evidenceCode
      ECO:0000269
      Источник
      PubMed
      id
      2981626
    • evidenceCode
      ECO:0000269
      Источник
      PubMed
      id
      3036372
    • evidenceCode
      ECO:0000269
      Источник
      PubMed
      id
      9478970
    [1]
    Основание утверждения

    Аннотация источника

    Где проверить это утверждение

    uniprot-P03004
    Captured UniProt JSON: comments[commentType=FUNCTION] and attached evidence codes

    Код доказательства относится к аннотации. Запись не является измерением изображённого организма.

    Функция: текст и доказательства UniProt (EN)

    Посмотреть структурированные данные
    Текст источника
    Also required for replication of some plasmid DNA; binds 4 DnaA boxes in the minimal plasmid RK2 replication origin (oriV)
    Язык источника
    en
    evidence codes
    • evidenceCode
      ECO:0000269
      Источник
      PubMed
      id
      15878847
    • evidenceCode
      ECO:0000269
      Источник
      PubMed
      id
      9242693
    [1]
    Основание утверждения

    Аннотация источника

    Где проверить это утверждение

    uniprot-P03004
    Captured UniProt JSON: comments[commentType=FUNCTION] and attached evidence codes

    Код доказательства относится к аннотации. Запись не является измерением изображённого организма.

    Последовательность и версия

    P03004

    Посмотреть структурированные данные
    accession
    P03004
    name
    Chromosomal replication initiator protein DnaA
    length
    467
    entry version
    211
    sequence version
    2
    Последовательность
    MSLSLWQQCLARLQDELPATEFSMWIRPLQAELSDNTLALYAPNRFVLDWVRDKYLNNIN
GLLTSFCGADAPQLRFEVGTKPVTQTPQAAVTSNVAAPAQVAQTQPQRAAPSTRSGWDNV
PAPAEPTYRSNVNVKHTFDNFVEGKSNQLARAAARQVADNPGGAYNPLFLYGGTGLGKTH
LLHAVGNGIMARKPNAKVVYMHSERFVQDMVKALQNNAIEEFKRYYRSVDALLIDDIQFF
ANKERSQEEFFHTFNALLEGNQQIILTSDRYPKEINGVEDRLKSRFGWGLTVAIEPPELE
TRVAILMKKADENDIRLPGEVAFFIAKRLRSNVRELEGALNRVIANANFTGRAITIDFVR
EALRDLLALQEKLVTIDNIQKTVAEYYKIKVADLLSKRRSRSVARPRQMAMALAKELTNH
SLPEIGDAFGGRDHTTVLHACRKIEQLREESHDIKEDFSNLIRTLSS
    [1]
    Основание утверждения

    Аннотация источника

    Где проверить это утверждение

    uniprot-P03004
    Captured UniProt JSON: sequence.value, sequence.length, sequenceVersion and entryVersion

    Гены и домены

    Связи, указанные UniProt

    Посмотреть структурированные данные
    gene symbols
    • dnaA
    gene crossreferences
    • database
      GeneID
      id
      93778443
      properties
      • key
        Description
        value
        -
    • database
      GeneID
      id
      948217
      properties
      • key
        Description
        value
        -
    interpro domains
    • Источник
      interpro
      accession
      IPR003593
      name
      AAA+_ATPase
    • Источник
      interpro
      accession
      IPR001957
      name
      Chromosome_initiator_DnaA
    • Источник
      interpro
      accession
      IPR020591
      name
      Chromosome_initiator_DnaA-like
    • Источник
      interpro
      accession
      IPR018312
      name
      Chromosome_initiator_DnaA_CS
    • Источник
      interpro
      accession
      IPR013159
      name
      DnaA_C
    • Источник
      interpro
      accession
      IPR013317
      name
      DnaA_dom
    • Источник
      interpro
      accession
      IPR024633
      name
      DnaA_N_dom
    • Источник
      interpro
      accession
      IPR038454
      name
      DnaA_N_sf
    • Источник
      interpro
      accession
      IPR027417
      name
      P-loop_NTPase
    • Источник
      interpro
      accession
      IPR010921
      name
      Trp_repressor/repl_initiator
    [1]
    Основание утверждения

    Аннотация источника

    Где проверить это утверждение

    uniprot-P03004
    Captured UniProt JSON: genes, features and cross-references

    Ссылка базы данных не заменяет проверку сборки и штамма. P03004 относится к K12 (83333); старый профиль гена относится к MG1655 (511145). Эти таксоны не объединены.

    Аннотации функций GO

    Выборка с кодами доказательств

    Посмотреть структурированные данные

    Показано / подготовлено / в ответе источника: 12 / 54 / 54

    GO
    GOДоказательствоПубликация или правилоКто аннотировал
    GO:0006260
    DNA replication
    Biological Process    		ECO:0000315
    acts_upstream_of_or_within    		PMID:12068813EcoliWiki
    20100503
    GO:0006275
    regulation of DNA replication
    Biological Process    		ECO:0000315
    acts_upstream_of_or_within    		PMID:12068813EcoliWiki
    20100503
    GO:0003677
    DNA binding
    Molecular Function    		ECO:0000256
    enables    		GO_REF:0000002InterPro
    20260727
    GO:0003677
    DNA binding
    Molecular Function    		ECO:0000314
    enables    		PMID:7615570EcoCyc
    20110629
    GO:0003688
    DNA replication origin binding
    Molecular Function    		ECO:0000318
    enables    		GO_REF:0000033GO_Central
    20260424
    GO:0003688
    DNA replication origin binding
    Molecular Function    		ECO:0000501
    enables    		GO_REF:0000120UniProt
    20260727
    GO:0003688
    DNA replication origin binding
    Molecular Function    		ECO:0000315
    enables    		PMID:19833870EcoCyc
    20110629
    GO:0005515
    protein binding
    Molecular Function    		ECO:0000353
    enables    		PMID:10972842IntAct
    20260725
    GO:0005515
    protein binding
    Molecular Function    		ECO:0000353
    enables    		PMID:15690043IntAct
    20260725
    GO:0005515
    protein binding
    Molecular Function    		ECO:0000353
    enables    		PMID:15690043IntAct
    20260725
    GO:0005515
    protein binding
    Molecular Function    		ECO:0000353
    enables    		PMID:17699754IntAct
    20260725
    GO:0005515
    protein binding
    Molecular Function    		ECO:0000353
    enables    		PMID:18179598IntAct
    20260725
    [2]
    Основание утверждения

    Аннотация источника

    Где проверить это утверждение

    quickgo-P03004-1
    Captured QuickGO annotation results: GO ID, qualifier, evidenceCode, reference, assignedBy and date; limited returned pages

    Это аннотации источника, а не самостоятельное доказательство причинного механизма. Полный сохранённый ответ доступен в оригиналах.

    Исследования из записи белка

    Библиографические записи

    Посмотреть структурированные данные
    • Источник
      uniprot
      id
      P03004-citation-6296774
      title
      The nucleotide sequence of the dnaA gene and the first «часть» (part of) the dnaN gene of Escherichia coli K-12.
      pmid
      6296774
      doi
      10.1093/nar/10.22.7373
      year
      1982
      authors
      • Hansen E.B.
      • Hansen F.G.
      • von Meyenburg K.
      journal
      Nucleic Acids Res.
      Статус повторного использования
      metadata_only
      Ссылка на источник
      https://rest.uniprot.org/uniprotkb/P03004.json
      SHA-256 копии источника
      20b9ed0385942a0aebc3645f0f499a77e9aab0741218e2327ee80b6ae7590dca
    • Источник
      uniprot
      id
      P03004-citation-6234204
      title
      Structural analysis of the dnaA and dnaN genes of Escherichia coli.
      pmid
      6234204
      doi
      10.1016/0378-1119(84)90253-1
      year
      1984
      authors
      • Ohmori H.
      • Kimura M.
      • Nagata T.
      • Sakakibara Y.
      journal
      Gene
      Статус повторного использования
      metadata_only
      Ссылка на источник
      https://rest.uniprot.org/uniprotkb/P03004.json
      SHA-256 копии источника
      20b9ed0385942a0aebc3645f0f499a77e9aab0741218e2327ee80b6ae7590dca
    • Источник
      uniprot
      id
      P03004-citation-7686882
      title
      DNA sequence and analysis of 136 kilobases of the Escherichia coli genome: organizational symmetry around the origin of replication.
      pmid
      7686882
      doi
      10.1006/geno.1993.1230
      year
      1993
      authors
      • Burland V.D.
      • Plunkett G. III
      • Daniels D.L.
      • Blattner F.R.
      journal
      Genomics
      Статус повторного использования
      metadata_only
      Ссылка на источник
      https://rest.uniprot.org/uniprotkb/P03004.json
      SHA-256 копии источника
      20b9ed0385942a0aebc3645f0f499a77e9aab0741218e2327ee80b6ae7590dca
    • Источник
      uniprot
      id
      P03004-citation-9278503
      title
      The complete genome sequence of Escherichia coli K-12.
      pmid
      9278503
      doi
      10.1126/science.277.5331.1453
      year
      1997
      authors
      • Blattner F.R.
      • Plunkett G. III
      • Bloch C.A.
      • Perna N.T.
      • Burland V.
      • Riley M.
      • Collado-Vides J.
      • Glasner J.D.
      • Rode C.K.
      • Mayhew G.F.
      • Gregor J.
      • Davis N.W.
      • Kirkpatrick H.A.
      • Goeden M.A.
      • Rose D.J.
      • Mau B.
      • Shao Y.
      journal
      Science
      Статус повторного использования
      metadata_only
      Ссылка на источник
      https://rest.uniprot.org/uniprotkb/P03004.json
      SHA-256 копии источника
      20b9ed0385942a0aebc3645f0f499a77e9aab0741218e2327ee80b6ae7590dca
    • Источник
      uniprot
      id
      P03004-citation-16738553
      title
      Highly accurate genome sequences of Escherichia coli K-12 strains MG1655 and W3110.
      pmid
      16738553
      doi
      10.1038/msb4100049
      year
      2006
      authors
      • Hayashi K.
      • Morooka N.
      • Yamamoto Y.
      • Fujita K.
      • Isono K.
      • Choi S.
      • Ohtsubo E.
      • Baba T.
      • Wanner B.L.
      • Mori H.
      • Horiuchi T.
      journal
      Mol. Syst. Biol.
      Статус повторного использования
      metadata_only
      Ссылка на источник
      https://rest.uniprot.org/uniprotkb/P03004.json
      SHA-256 копии источника
      20b9ed0385942a0aebc3645f0f499a77e9aab0741218e2327ee80b6ae7590dca
    • Источник
      uniprot
      id
      P03004-citation-6329723
      title
      The nucleotide sequence of the dnaA gene promoter and of the adjacent rpmH gene, coding for the ribosomal protein L34, of Escherichia coli.
      pmid
      6329723
      doi
      10.1002/j.1460-2075.1982.tb01294.x
      year
      1982
      authors
      • Hansen F.G.
      • Hansen E.B.
      • Atlung T.
      journal
      EMBO J.
      Статус повторного использования
      metadata_only
      Ссылка на источник
      https://rest.uniprot.org/uniprotkb/P03004.json
      SHA-256 копии источника
      20b9ed0385942a0aebc3645f0f499a77e9aab0741218e2327ee80b6ae7590dca
    • Источник
      uniprot
      id
      P03004-citation-2981626
      title
      Autoregulation of the DNA replication gene dnaA in E. coli K-12.
      pmid
      2981626
      doi
      10.1016/0092-8674(85)90319-8
      year
      1985
      authors
      • Braun R.E.
      • O'Day K.
      • Wright A.
      journal
      Cell
      Статус повторного использования
      metadata_only
      Ссылка на источник
      https://rest.uniprot.org/uniprotkb/P03004.json
      SHA-256 копии источника
      20b9ed0385942a0aebc3645f0f499a77e9aab0741218e2327ee80b6ae7590dca
    • Источник
      uniprot
      id
      P03004-citation-3036372
      title
      ATP activates dnaA protein in initiating replication of plasmids bearing the origin of the E. coli chromosome.
      pmid
      3036372
      doi
      10.1016/0092-8674(87)90221-2
      year
      1987
      authors
      • Sekimizu K.
      • Bramhill D.
      • Kornberg A.
      journal
      Cell
      Статус повторного использования
      metadata_only
      Ссылка на источник
      https://rest.uniprot.org/uniprotkb/P03004.json
      SHA-256 копии источника
      20b9ed0385942a0aebc3645f0f499a77e9aab0741218e2327ee80b6ae7590dca
    • Источник
      uniprot
      id
      P03004-citation-2540187
      title
      dnaA protein regulates transcriptions of the rpoH gene of Escherichia coli.
      pmid
      2540187
      doi
      10.1016/s0021-9258(18)83238-0
      year
      1989
      authors
      • Wang Q.P.
      • Kaguni J.M.
      journal
      J. Biol. Chem.
      Статус повторного использования
      metadata_only
      Ссылка на источник
      https://rest.uniprot.org/uniprotkb/P03004.json
      SHA-256 копии источника
      20b9ed0385942a0aebc3645f0f499a77e9aab0741218e2327ee80b6ae7590dca
    • Источник
      uniprot
      id
      P03004-citation-9478970
      title
      Membrane-mediated release of nucleotide from an initiator of chromosomal replication, Escherichia coli DnaA, occurs with insertion of a distinct region of the protein into the lipid bilayer.
      pmid
      9478970
      doi
      10.1074/jbc.273.9.5167
      year
      1998
      authors
      • Garner J.
      • Durrer P.
      • Kitchen J.
      • Brunner J.
      • Crooke E.
      journal
      J. Biol. Chem.
      Статус повторного использования
      metadata_only
      Ссылка на источник
      https://rest.uniprot.org/uniprotkb/P03004.json
      SHA-256 копии источника
      20b9ed0385942a0aebc3645f0f499a77e9aab0741218e2327ee80b6ae7590dca
    • Источник
      uniprot
      id
      P03004-citation-9674428
      title
      The initiator function of DnaA protein is negatively regulated by the sliding clamp of the E. coli chromosomal replicase.
      pmid
      9674428
      doi
      10.1016/s0092-8674(00)81222-2
      year
      1998
      authors
      • Katayama T.
      • Kubota T.
      • Kurokawa K.
      • Crooke E.
      • Sekimizu K.
      journal
      Cell
      Статус повторного использования
      metadata_only
      Ссылка на источник
      https://rest.uniprot.org/uniprotkb/P03004.json
      SHA-256 копии источника
      20b9ed0385942a0aebc3645f0f499a77e9aab0741218e2327ee80b6ae7590dca
    • Источник
      uniprot
      id
      P03004-citation-9298644
      title
      Escherichia coli proteome analysis using the gene-protein database.
      pmid
      9298644
      doi
      10.1002/elps.1150180805
      year
      1997
      authors
      • VanBogelen R.A.
      • Abshire K.Z.
      • Moldover B.
      • Olson E.R.
      • Neidhardt F.C.
      journal
      Electrophoresis
      Статус повторного использования
      metadata_only
      Ссылка на источник
      https://rest.uniprot.org/uniprotkb/P03004.json
      SHA-256 копии источника
      20b9ed0385942a0aebc3645f0f499a77e9aab0741218e2327ee80b6ae7590dca
    [1]
    Основание утверждения

    Аннотация источника

    Где проверить это утверждение

    uniprot-P03004
    Captured UniProt JSON: references and citation cross-references

    Показаны метаданные. Право на текст статьи определяется отдельно.

    Как читать эти данные

    Организм записи UniProt

    Escherichia coli (strain K12) · NCBI 83333Научный профиль →

    Ваш исследовательский вопрос

    Сохраните статью, чтобы вернуться к вопросу и этой версии источников.

    Продумать проверку

    Это ваш план исследования. Заполнение полей не подтверждает гипотезу.

    Задать вопрос по этому материалу

    Источники и версии

    Редакционный черновик · ожидает рецензирования

    1. UniProt Consortium · P03004

      2026-09-09T03:19:40.940804+00:00 · CC-BY-4.0

      Происхождение и оригинал
      Версия источника
      entry 211; sequence 2
      SHA-256 исходника
      20b9ed0385942a0aebc3645f0f499a77e9aab0741218e2327ee80b6ae7590dca
      Обработка
      Unmodified provider response; selected fields are projected into the document.
      Сведения о версии
      Native entry and sequence versions retained.

      Посмотреть оригинал JSON · Скачать оригинал

    2. Gene Ontology Consortium / QuickGO · UniProtKB:P03004

      2026-09-09T03:20:28.660556+00:00 · CC-BY-4.0

      Происхождение и оригинал
      SHA-256 исходника
      30a929f57c0f50a1fe5ae1509981b7f62b7e077f02ef20ea6320183d3865f8ac
      Обработка
      Unmodified provider response; selected fields are projected into the document.
      Сведения о версии
      No native GO release was supplied; exact response hash and retrieval time are retained.

      Посмотреть оригинал JSON · Скачать оригинал

    Посмотреть структурированные данные
    Версия содержания
    dff214fbbf0712541ef03008aa49f5f74d2947c5d2dc23eb7628f36b84150818
    Версия источника
    research-20260909.1
    Обновлено
    2026-10-01