Источники и доступные операции

Реестр описывает реализованные публичные операции. Доступность конкретной записи, права и состояние поставщика проверяются отдельно.

Редакция реестра, не дата обновления поставщиков:

Доступно в указанной области

Catalogue of Life

Закреплённые названия и классификация

  • Поиск названий
  • Просмотр точных групп
  • Чтение классификации

Запись названия не означает готовую статью, молекулярное соответствие или филогенетическое дерево.

Права и область данных

Сохранение выпуска, исходных идентификаторов и атрибуции

организм или группа

Ограниченная область

GBIF

Организмы и опубликованные наблюдения

  • Определение точной идентичности
  • Чтение ограниченной выборки наблюдений
  • Чтение метаданных набора

Наблюдения не описывают полный ареал; чувствительные координаты и изображения без допустимых прав закрыты.

Права и область данных

Лицензии наборов данных и изображений проверяются отдельно

организм или группа, наблюдение, набор данных, изображение

Ограниченная область

Wikimedia Commons

Фотографии и иллюстрации с атрибуцией

  • Чтение метаданных изображений с допустимой лицензией

Совпадение названия не подтверждает организм на фотографии; идентичность проверяется отдельно.

Права и область данных

Только допустимые лицензии с указанием автора и источника

изображение

Ограниченная область

NCBI Taxonomy

Идентификаторы организмов в источнике

  • Чтение идентичности организма
  • Чтение классификации источника

Конфликты источников остаются явными; понятия NCBI и CoL не объединяются автоматически.

Права и область данных

Сохранение происхождения записи

организм или группа

Ограниченная область

NCBI Datasets / Nucleotide

Версионные сборки и ограниченные участки ДНК

  • Чтение метаданных сборки
  • Чтение компонентов
  • Чтение ограниченного участка последовательности

Доступность сборок различается. Массовая загрузка геномов не входит в эту публичную операцию.

Права и область данных

Сохранение идентификатора, версии и условий источника

сборка, последовательность

Ограниченная область

NCBI Gene

Гены и перекрёстные ссылки

  • Чтение точной записи гена
  • Каталог генов выбранного организма

Ссылка источника не доказывает взаимозаменяемость сборок или транскриптов.

Права и область данных

Сохранение версии и атрибуции

ген

Ограниченная область

UniProtKB

Последовательности белков и аннотации

  • Поиск белков
  • Чтение точной записи белка
  • Чтение аннотаций источника

Аннотация не является измерением образца; коды доказательств и оговорки сохраняются.

Права и область данных

Сохранение лицензии, атрибуции и версий записи и последовательности

белок, организм или группа

Ограниченная область

InterPro

Домены выбранного белка

  • Домены по идентификатору белка

Совпадение домена не устанавливает полный биологический механизм.

Права и область данных

Сохранение атрибуции базы данных

белок, домен, семейство

Ограниченная область

Ensembl

Гены, гомология и деревья с указанием вида

  • Точный ген и его транскрипты
  • Гомология по данным поставщика
  • Чтение дерева генов

Нужны вид и стабильный ID. Сохранённые деревья подписаны; сходство не переименовывается в ортологию.

Права и область данных

Сохранение выпуска, сборки и утверждений поставщика

ген, транскрипт, дерево генов

Ограниченная область

Gene Ontology / QuickGO

GO-аннотации с доказательствами

  • Чтение GO-аннотаций

Отрицание, экспериментальные и косвенные основания остаются раздельными.

Права и область данных

Сохранение кодов, ссылок, назначившего аннотацию источника и лицензии

белок, термин онтологии

Ограниченная область

Europe PMC

Литература, связанная с объектом

  • Ограниченный поиск библиографических метаданных

Упоминание названия или цитата не подтверждают утверждение. Полные тексты не перепубликуются автоматически.

Права и область данных

Права на метаданные и полный текст проверяются отдельно

статья

Ограниченная область

Crossref

DOI и точные упоминания названий

  • Ограниченное чтение метаданных DOI

Совпадения показаны как упоминания. Общее разрешение реестра не меняется.

Права и область данных

Только разрешённая ограниченная выборка метаданных; без общего разрешения на перепубликацию аннотаций и полного текста

статья

Не подключено к этому публичному пути

OpenAlex

Адаптер научных метаданных

Публичные операции не заявлены.

Публичная библиография использует Europe PMC и разрешённые метаданные Crossref. Наличие адаптера не означает живое покрытие.

Права и область данных

Нужна проверка условий конкретной операции

статья

Ограниченная область

European Nucleotide Archive

Опубликованные образцы, исследования и идентификаторы

  • Чтение опубликованных образцов
  • Чтение метаданных исследования
  • Чтение перекрёстных ссылок идентификаторов

Запись образца не означает анализ, точное место сбора или согласованную каноническую таксономию.

Права и область данных

Сохранение подтверждения получения и условий конкретной операции

образец, исследование, последовательность

Ограниченная область

BioSamples

Публичные метаданные образцов

  • Чтение публичных метаданных образца

Неизвестные методы, единицы и условия остаются неизвестными; связи требуют прямого основания в источнике.

Права и область данных

Сохранение происхождения и ограничений доступа

образец, исследование

Не подключено к этому публичному пути

BOLD Systems

Возможный источник штрихкодов

Публичные операции не заявлены.

Не входит в этот публичный путь. Доступность ENA не означает доступность BOLD.

Права и область данных

Нужна отдельная проверка лицензии адаптера

последовательность, образец

Ограниченная область

iNaturalist

Опубликованные наблюдения и фотографии

  • Чтение ограниченной выборки наблюдений
  • Чтение метаданных фото с допустимыми правами

Research-grade — обозначение поставщика; идентичность и права на фото проверяются отдельно.

Права и область данных

Лицензии записей и фотографий проверяются независимо

организм или группа, наблюдение, изображение

Ограниченная область

Global Biotic Interactions

Сообщения о взаимодействиях организмов

  • Чтение опубликованных взаимодействий

Это утверждения источников, а не измерения изображённого образца.

Права и область данных

Сохранение цитирования и происхождения взаимодействия

организм или группа, взаимодействие

Ограниченная область

Wikidata

Внешние идентификаторы и контекст

  • Чтение внешних идентификаторов источника

Внешний ID не заменяет принятую таксономию и не разрешает конфликт автоматически.

Права и область данных

Сохранение утверждений источника

организм или группа

Ограниченная область

Wikipedia / MediaWiki

Объяснения из закреплённых редакций

  • Чтение допущенных описаний

Описание не меняет таксономию, допуск публикации или идентичность источника.

Права и область данных

Лицензированный текст на указанном языке с атрибуцией

статья, организм или группа

Ограниченная область

PDB

Подготовленные экспериментальные структуры

  • Чтение подготовленных структур

Покрытие ограничено; метод эксперимента и исходная запись сохраняются.

Права и область данных

Сохранение условий источника и экспериментального происхождения

белок, структура

Ограниченная область

AlphaFold DB

Подготовленные предсказанные структуры

  • Чтение подготовленных моделей

Уверенность предсказания не является экспериментальной проверкой.

Права и область данных

Сохранение условий источника и происхождения модели

белок, структура

Не подключено к этому публичному пути

Open Tree of Life

Адаптер синтетической топологии

Публичные операции не заявлены.

Просмотр классификации не означает допуск публичной синтетической филогении.

Права и область данных

Публичное использование зависит от решения об условиях в реестре

организм или группа, дерево