Организмы и группы · Вид
Ageratina adenophora
Ageratina adenophora, известная по-английски как crofton weed, — многолетний кустарник семейства Астровые, Asteraceae.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
EcoGenesis · Энциклопедия
Библиотека живого мира
Организмы, строение, процессы и учебные маршруты. Читайте объяснения и переходите к связанным данным и источникам.
A
Организмы и группы · Вид
Amanita muscaria
Мухомор красный — гриб, связанный с корнями деревьев. Его знакомая красная шляпка — лишь видимая часть этого соседства.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Организмы и группы · Царство
Animalia
Животные — многоклеточные эукариоты, получающие органическое питание из других организмов или их остатков. У их клеток нет клеточной стенки. У большинства животных развиты специализированные ткани, однако губки показывают, почему привычную схему органов нельзя считать общей для всех. Подвижность нередко меняется в течение жизни; личинка и взрослая особь могут существенно…
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Организмы и группы · Вид
Arabidopsis thaliana
Arabidopsis thaliana, резуховидка Таля, — небольшое однолетнее цветковое растение семейства Капустные, Brassicaceae.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Организмы и группы · Домен
Archaea
Археи, как и бактерии, не имеют оформленного мембраной ядра. Однако их клеточные оболочки устроены иначе: характерные мембранные липиды содержат разветвлённые цепи с простыми эфирными связями, а бактериального пептидогликана в стенках нет. Внешне похожие клетки поэтому могут заметно различаться на молекулярном уровне.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Организмы и группы · Отдел / тип
Arthropoda
Членистоногих объединяют сегментированное тело, членистые придатки и наружный покров с хитином. При росте покров сменяется во время линьки. Придатки могут служить движению, восприятию среды или обработке пищи. Насекомые, пауки, ракообразные и многоножки показывают разные сочетания этих признаков; тело не у всех разделено на одинаковые отделы.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
B
Организмы и группы · Вид
Bacillus subtilis
Bacillus subtilis — грамположительная бактерия, связанная с почвой и областью вокруг корней растений.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Организмы и группы · Вид
Bacillus subtilis
Bacillus subtilis — палочковидная бактерия, на которой изучают развитие клеток, производство белков и образование эндоспор.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Организмы и группы · Домен
Bacteria
У бактерий ДНК находится в области клетки, называемой нуклеоидом, без окружающей её ядерной оболочки. Клеточная мембрана отделяет содержимое клетки от среды, а рибосомы собирают белки. У большинства бактерий стенка содержит пептидогликан. Эти признаки помогают разбирать строение клетки, но жгутик или капсулу нельзя дорисовывать каждому представителю.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Белки
BRCA2 · P51587
BRCA2 — белковая запись P51587 из UniProt для Homo sapiens (NCBI 9606). В сохранённой версии последовательность содержит 3418 аминокислот.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
C
Организмы и группы · Вид
Caenorhabditis elegans
Caenorhabditis elegans — нематода: небольшой свободноживущий круглый червь с прозрачным телом.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Белки
CDC28 · P00546
CDC28 — белковая запись P00546 из UniProt для Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (NCBI 559292). В сохранённой версии последовательность содержит 298 аминокислот.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Организмы и группы · Вид
Chlamydomonas reinhardtii
Chlamydomonas reinhardtii — одноклеточная зелёная водоросль, а не маленькое животное или миниатюрное облиственное растение.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
D
Организмы и группы · Вид
Danio rerio
Данио-рерио, Danio rerio, — небольшая пресноводная рыба из Южной Азии, узнаваемая по тёмным горизонтальным полосам вдоль тела.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Белки
DnaA · P03004
DnaA — белковая запись P03004 из UniProt для Escherichia coli (strain K12) (NCBI 83333). В сохранённой версии последовательность содержит 467 аминокислот.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Организмы и группы · Вид
Drosophila melanogaster
Drosophila melanogaster — небольшая муха семейства Drosophilidae, известная и как лабораторное животное, и как обитатель бродящих пищевых субстратов.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
E
Организмы и группы · Вид
Escherichia coli
Escherichia coli встречается в кишечнике людей и других животных, а также в воде, пище и иных средах.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Организмы и группы · Домен
Eukaryota
Для эукариотической клетки характерны окружённое оболочкой ядро и внутренние мембранные отделы с разными функциями. Такая организация позволяет рассматривать клетку как систему взаимодействующих частей. Набор этих частей зависит от типа клетки: схема с хлоропластом не описывает любую клетку эукариот.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
F
Белки
FLC · Q9S7Q7
FLC — белковая запись Q9S7Q7 из UniProt для Arabidopsis thaliana (NCBI 3702). В сохранённой версии последовательность содержит 196 аминокислот.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Учебные маршруты
FLC: как молекулярный репрессор связывает зиму с цветением
Рабочие термины: локус гена обозначает участок ДНК; транскрипт — РНК-продукт транскрипции; белок — другой молекулярный продукт. Под воздействием здесь понимается намеренное изменение условий или активности гена, а под фенотипом — измеренный результат на уровне организма, например время до цветения.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Организмы и группы · Царство
Fungi
Грибы получают органические вещества из окружающей среды и поглощают питательные вещества через поверхность клеток. Их клеточные стенки содержат хитин и глюканы; собственных хлоропластов у грибных клеток нет. Грибы включают одноклеточные дрожжи и формы, растущие нитями — гифами. Совокупность гиф образует мицелий.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
H
Организмы и группы · Вид
Halobacterium salinarum
Halobacterium salinarum — приспособленная к соли архея, а не бактерия, несмотря на слово bacterium в названии.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Организмы и группы · Семейство
Hominidae
Семейство Hominidae объединяет людей, орангутанов, горилл, шимпанзе и бонобо. Гиббоны входят в более широкую группу человекообразных обезьян, но не в это семейство. Термин «гоминид» поэтому не стоит использовать как синоним только человека и его ископаемых родственников.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Организмы и группы · Род
Homo
Homo — род, а Homo sapiens — вид, к которому относятся все ныне живущие люди. Известны и ископаемые представители рода. Например, у ранних африканских находок, относимых к Homo erectus, описаны относительно длинные ноги и короткие руки — пропорции, связанные с наземным передвижением. Границы вида и трактовка отдельных находок обсуждаются исследователями.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Организмы и группы · Вид
Homo sapiens
Homo sapiens — вид, к которому принадлежат все ныне живущие люди.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
M
Организмы и группы · Класс
Mammalia
Для млекопитающих характерны волосы и молочные железы, питающие детёнышей. Волосы бывают малозаметны, как у китов. Среди особенностей скелета — три слуховые косточки среднего уха. Современные млекопитающие включают яйцекладных, сумчатых и плацентарных; поэтому живорождение не служит признаком каждого представителя. Утконос откладывает яйца, но кормит потомство молоком.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Белки
MCM2 · P49736
MCM2 — белковая запись P49736 из UniProt для Homo sapiens (NCBI 9606). В сохранённой версии последовательность содержит 904 аминокислот.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Организмы и группы · Вид
Methanocaldococcus jannaschii
Methanocaldococcus jannaschii — архея: она относится к Archaea, домену клеточной жизни, отличному от Bacteria.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Организмы и группы · Вид
Mus musculus
Домовая мышь, Mus musculus, — грызун семейства Мышиные, Muridae.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Организмы и группы · Вид
Mycobacterium tuberculosis
Mycobacterium tuberculosis — бактерия, наиболее известная как возбудитель туберкулёза, болезни, которая обычно поражает лёгкие, но может затрагивать и другие органы.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
P
Организмы и группы · Вид
Panthera leo
Лев — крупная общественная кошка. Львиные группы, прайды, защищают территорию и совместно заботятся о потомстве.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Организмы и группы · Вид
Physcomitrium patens
Physcomitrium patens — мох, прежнее название которого, Physcomitrella patens, по-прежнему часто встречается в названиях исследований.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Организмы и группы · Вид
Picea abies
Ель обыкновенная, Picea abies, — вечнозелёное хвойное дерево семейства Сосновые, Pinaceae.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Организмы и группы · Вид
Picea glauca
Ель сизая, широко известная как Picea glauca, — североамериканское хвойное дерево семейства Сосновые, Pinaceae.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Организмы и группы · Царство
Plantae
Мхи, папоротники, хвойные и цветковые растения показывают разнообразие наземных растений. В их жизненном цикле чередуются поколение, образующее споры, — спорофит — и поколение, образующее гаметы, — гаметофит. Развивающийся зародыш получает защиту и питание от материнского гаметофита. Размер и заметность поколений у разных групп различаются.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Организмы и группы · Вид
Plasmodium falciparum
Plasmodium falciparum — паразит из группы Apicomplexa, вызывающий малярию у человека.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Организмы и группы · Порядок / отряд
Primates
К приматам относятся лемуры, долгопяты, обезьяны и человек. Для группы характерны приспособления к хватанию и зрительному восприятию пространства: перекрывающиеся поля зрения помогают оценивать глубину. Строение кисти и стопы, поза и способы передвижения различаются; человеческая стопа не устроена как хватательная стопа древесного примата.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Организмы и группы · Вид
Pseudomonas aeruginosa
Pseudomonas aeruginosa — бактерия, встречающаяся в разных средах, в том числе в почве, воде и на влажных поверхностях, а также в связи с растениями и животными.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
S
Организмы и группы · Вид
Saccharomyces cerevisiae
Saccharomyces cerevisiae — одноклеточный гриб, наиболее известный как пекарские и пивные дрожжи.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Организмы и группы · Вид
Schizosaccharomyces pombe
Schizosaccharomyces pombe — сумчатый гриб, известный как делящиеся дрожжи.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Организмы и группы · Без ранга
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2
SARS-CoV-2 — вирус, вызывающий COVID-19, заболевание, которое может протекать от бессимптомной инфекции до тяжёлой болезни.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
T
Организмы и группы · Вид
Trypanosoma brucei
Trypanosoma brucei — эукариотический паразит, относящийся к кинетопластидам.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
W
Организмы и группы · Вид
Wollemia nobilis
Воллемия благородная, Wollemia nobilis, — хвойное дерево семейства Араукариевые, Araucariaceae, ставшее известным науке в 1994 году.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Б
Белки
Белок D1 · PsbA
D1 — один из центральных белков фотосистемы II. Вместе с D2 он образует основу для переноса электронов за счёт света. Сохранённая запись UniProt для арабидопсиса связывает D1 с psbA и AtCg00020. Эта страница связывает биологическую роль с точной последовательностью из 353 аминокислот и её аннотацией на основании модели.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Г
Руководства
Ген, транскрипт и белок: как связаны записи
Одна молекулярная история может быть представлена несколькими записями. Ген описывают на геномной последовательности; транскрипт представляет РНК-продукт, а белковая запись — аминокислотную последовательность. RefSeq хранит геномные, транскриптные и белковые последовательности как разные связанные объекты. Начните с вопроса, что именно открыто перед вами.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Д
Учебные маршруты
Две ели, разные свидетельства: от шишки к геному
В справочнике Университета штата Орегон ель европейская обозначена как Picea abies, а обзор Лесной службы США о ели белой посвящён Picea glauca. Именно эти два вида мы сравним.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Занятия
Дифференцировка клеток: читать изображение и источник
На изображении нужно сначала найти структуру и определить, видна ли она вообще в данном материале. Кнопка названия должна выделять соответствующую область; для невидимой детали понадобится отдельная схема. Прежде чем объяснять, почему клетки различаются, зафиксируйте, какие именно клетки и каким способом наблюдали.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
К
Руководства
Как сравнивать ели по признакам и геномным данным
Сравнение начинается с идентичности. Откройте *Picea abies* и *Picea glauca*, проверьте научные названия, источник и ранг. Если другой справочник использует иное принятое имя, сохраните его трактовку отдельно вместе со ссылкой. Похожее русское название или общий род ещё не делают две записи взаимозаменяемыми.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Руководства
Как читать биологическую классификацию
Классификация помогает понять, к какой группе относится организм и какие группы входят в неё. Вид, род и семейство — названия рангов; самими группами, или таксонами, будут, например, *Arabidopsis thaliana*, *Arabidopsis* и Brassicaceae. Ранг отвечает на вопрос об уровне в системе, а название — о выбранном объекте. Читая карточку, сначала найдите научное имя, ранг и источник…
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Руководства
Как читать структуру белка и оценивать предсказание
Перед вращением модели выясните, что она представляет. Экспериментальная структура основана на измерениях; вычислительная модель предсказывает расположение атомов. Для первой важны метод и показатели качества соответствующего эксперимента, для второй — метод моделирования и оценки уверенности. RCSB показывает эти сведения раздельно. Красивое трёхмерное изображение не заменяет…
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Учебные маршруты
Какое дерево отвечает на ваш вопрос?
Сначала прочитайте легенду, а не силуэт. Ветвящаяся форма — способ упорядочить сведения; она не сообщает, относятся ли они к классификации, происхождению, сходству или частям тела.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Строение
Клетка палисадного мезофилла
Клетки палисадного мезофилла входят во внутреннюю фотосинтезирующую ткань листа. В типичном листе эвдикот они сравнительно плотно расположены под верхним эпидермисом и содержат хлоропласты. Соседний губчатый мезофилл организован более рыхло, с воздушными пространствами для газообмена. Клетка, ткань и орган — разные уровни строения.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Л
Строение
Лист
Лист объединяет поглощение света, газообмен и транспорт веществ. В обычном зелёном листе хлоропласты мезофилла используют энергию света для образования органических веществ из углекислого газа. Вода поступает по проводящим тканям, а сахара могут переноситься в другие части растения. Поэтому лист — работающий орган, а не просто плоская поверхность.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
М
Занятия
Модельные организмы и геномы
Начните с идентификации, прежде чем сравнивать данные. В карточке найдите организм, затем откройте конкретную сборку и связанную молекулярную запись. Название вида, образец, сборка и ген — разные объекты. Сохраните для каждого отдельный идентификатор и укажите то, что источник пока не предоставил.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
О
Руководства
Ортологи, паралоги и семейства генов
Поиск по имени помогает найти запись, но сам по себе не устанавливает эволюционную связь. Гомология означает общее происхождение. Ортологи разошлись при видообразовании, паралоги — при дупликации гена. Ортология бывает не только «один к одному», но и «один ко многим» или «многие ко многим». Поэтому одного факта «эти гены находятся в разных видах» недостаточно для определения…
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Курсы
Основы генетики: от наследования к молекулярной записи
Почему потомки сходны с родителями и почему это сходство не означает полной одинаковости? Начнём с наследственности и изменчивости, затем свяжем обозначения генетической задачи с геномом, геном, транскриптом и белком. Главная привычка этого маршрута — сначала назвать объект и условия, потом интерпретировать результат.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Занятия
Основы наследования: условия простой модели
Начните с условного скрещивания Aa × Aa. Предположим, что рассматривается один диплоидный локус, каждый родитель передаёт A или a с одинаковой вероятностью, гаметы объединяются независимо и отбор между указанными стадиями не меняет доли. Таблица сочетаний помогает получить ожидаемые генотипы; прежде чем переводить их в признаки, потребуется ещё одно условие о доминировании.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Учебные маршруты
От целого организма к клетке: что можно узнать по анатомическому изображению
Представьте три изображения: целое растение, тонкий срез листа и клетку крупным планом. Прежде чем решать, какое из них подробнее, проверьте, отвечают ли они на один и тот же вопрос.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
П
Руководства
Почему Arabidopsis используют в исследованиях развития
*Arabidopsis thaliana* позволяет связывать наблюдаемое развитие растения с генами и их работой. Роль модельного организма определяется также накопленными данными и возможностью сопоставлять исследования. Публикация генома в 2000 году стала важной основой для изучения функций генов. Числа из той работы относятся к её исторической сборке и аннотации, а не автоматически к…
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Р
Занятия
Развитие листа: форма, размер и образец
У двух листьев можно сравнить длину, но сначала нужно понять, как она измерена и к каким образцам относится. Откройте изображение и модель, найдите масштаб и происхождение каждого варианта. Изменённая учебная форма полезна для исследования геометрии, если она явно отличается от измеренного исходного листа.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Курсы
Развитие растений: от наблюдения к гену
Как из растущего растения выделить вопрос, который можно проверить? В этом маршруте вы начнёте с Arabidopsis, разберёте лист на разных уровнях организации и перейдёте к примеру регуляции цветения через FLC. Вместо запоминания длинного списка терминов вы соберёте небольшое исследование: объект, изображение или запись, вопрос и источник.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Занятия
Регуляция генов: что именно измеряют
Вопрос «ген работает?» слишком широк для точного исследования. Сначала выберите, что наблюдали: количество определённой РНК, присутствие белка, его взаимодействие или изменение признака. В заметке отделите измерение от объяснения механизма. Затем найдите в источнике условия, при которых получен результат.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Ф
Процессы
Фотосинтез
Фотосинтез связывает поглощение энергии с синтезом органических веществ. При кислородном фотосинтезе перенос электронов за счёт света использует воду и сопровождается выделением кислорода; АТФ и NADPH обеспечивают фиксацию углерода. Углерод новых органических веществ поступает из углекислого газа. Это связанные реакции, а не мгновенное превращение света в молекулу сахара.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Комплексы
Фотосистема II
Фотосистема II — мембранный белковый комплекс, начинающий перенос электронов от воды при кислородном фотосинтезе. Антенные пигменты поглощают свет и передают возбуждение реакционному центру. Окисление воды поставляет электроны и сопровождается выделением кислорода. Перенос к пластохинону связывает комплекс с остальным путём.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Х
Строение
Хвоя ели
Хвоинка ели — это лист. Её узкая форма меняет то, как орган обращён к свету и воздуху. Игловидные листья хвойных показывают сочетание уменьшенной открытой поверхности и погружённых устьиц — признаков, помогающих ограничивать потерю воды. Приведённые ниже размеры относятся к Picea abies, а не ко всем хвойным.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Строение
Хлоропласт
Хлоропласт — фотосинтезирующая органелла растений и водорослей. Его тилакоидные мембраны и окружающая строма выполняют взаимосвязанные задачи: перенос электронов за счёт света помогает образовывать АТФ и NADPH, а реакции фиксации углерода используют их для синтеза органических веществ. Разные компартменты объединяют эти реакции в одной органелле.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Ц
Занятия
Цветение и FLC: от записи к эксперименту
Профиль FLC объединяет связанные записи, а эксперимент проверяет определённый вопрос на конкретном материале. Пройдите оба пути: сначала установите идентичность гена и белка, затем разберите условия и результат одной работы. Отдельно сформулируйте, чего выбранный опыт не проверял.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Ч
Руководства
Чем классификация отличается от эволюционного дерева
Ветка классификации сообщает, куда источник поместил таксон. Филогенетическое дерево представляет гипотезу о родственных отношениях исследованных линий. Эти представления связаны, но одинаковый способ рисования не делает их одинаковыми данными. В начале работы прочитайте название слоя: классификация, филогения видов или дерево семейства генов.
Редакционный материал · ожидает рецензирования
Руководства
Что показывает карта наблюдений GBIF
Карта находок GBIF показывает опубликованные записи об организмах: например, музейные образцы и полевые наблюдения. Точка означает, что источник сообщил об организме в определённом месте и времени; она не подсчитывает всех особей там. Сначала проверьте, какой вид, территорию, даты и типы записей включает запрос.
Редакционный материал · ожидает рецензирования