Ортологи, паралоги и семейства генов

В дереве генов одна подпись может представлять последовательность или ген конкретного организма. Найдите исходную запись, затем связь, которую источник определил как ортологию или паралогию. Ensembl сопоставляет генные деревья с видовыми, чтобы различать события. Результат зависит от набора генов, выравнивания и метода: сходство названия не заменяет этот анализ.

Семейство и домен отвечают на другие вопросы. InterPro различает семейства, домены, повторы, сайты и гомологичные суперсемейства. Домен может занимать часть белка; совпадение домена не позволяет автоматически объявить целые белки ортологами или функционально тождественными. Читайте тип записи, а также участок последовательности, к которому она относится.

Выбрать молекулярный запрос

Попробуйте. Найдите BRCA2 и выберите конкретную исходную запись с организмом. Сначала откройте только её, затем запросите подтверждённые источником ортологи. Для одного результата запишите тип отношения, идентификаторы обоих генов, версию источника и доступное основание связи. Если источник не ответил или не дал отношения, сохраните это состояние; не достраивайте список по похожим названиям.

Карта и образец

После этого перейдите к организму и карте. Метка на карте означает опубликованное наблюдение организма, связанного с молекулярной записью. Она сама по себе не означает, что у этого полевого образца секвенировали именно выбранный ген. Для такого утверждения нужна явная связь с образцом и его молекулярными данными.

Проверить покрытие

Проверьте себя. Что изменилось при переключении с точной записи на семейство: последовательность запроса или критерий включения? Изменился критерий включения; новый список нужно читать вместе с его основаниями. Отсутствие организма в текущем молекулярном индексе говорит о неизвестном покрытии EcoGenesis, а не доказывает отсутствие у него гена.

Три масштаба запроса

Три разных способа задать молекулярный запрос; результаты зависят от подтверждённых связей источника

Учебный случай: после расхождения видов A и B каждому достаётся копия предкового гена; в заданной модели эти копии — ортологи. Если затем внутри A происходит дупликация, две копии A — паралоги. Ответ следует из событий заданной истории, а не из правила, что похожие имена или последовательности всегда означают один тип родства. Для реальных генов нужна реконструкция дерева и её доказательства.