Как читать структуру белка и оценивать предсказание

Затем сопоставьте структуру с последовательностью. Проверьте организм, цепь, изоформу и представленный участок. В структуре может быть только часть белка, а нумерация остатков может отличаться от записи UniProt. SIFTS предоставляет соответствия между PDB и UniProt на уровне остатков. Если соответствия для участка нет, это нужно видеть явно; выделение не должно перескакивать на похожий номер другой цепи.

У моделей AlphaFold показатель pLDDT описывает локальную уверенность для отдельных остатков по шкале 0–100. Низкое значение может быть связано с гибкостью участка или недостаточной информацией для предсказания; оно само по себе не доказывает отсутствие функции. Высокая уверенность в каждом домене ещё не подтверждает взаимное расположение доменов.

Для взаимного расположения используют PAE — ожидаемую ошибку положения одного остатка при совмещении по другому, выраженную в ангстремах. Низкий PAE между выбранными частями поддерживает уверенность в их взаимном положении. Эта оценка отвечает на другой вопрос, чем pLDDT. Если PAE не предоставлен, не объявляйте положение двух доменов подтверждённым только по цвету модели.

Пройти маршрут

Попробуйте. Из белковой карточки откройте доступную структуру и запишите её идентификатор, тип и источник. Выделите участок последовательности и проверьте, какая цепь и какие остатки подсветились. Сравните покрытие с полной длиной белка. Для предсказания найдите один участок с более высокой и один с более низкой уверенностью; если показатель недоступен, зафиксируйте это вместо собственной оценки по форме.

Что подтверждает уверенность

Проверьте себя. Модель с высоким pLDDT не устанавливает сама по себе связывание партнёра, активность фермента или эффект варианта. Сформулируйте ровно то, что удалось проверить: идентичность записи, покрытие и качество выбранного участка. Сохраните модель, цепь, участок и версии данных.

Покрытие и уверенность

Нет координат и низкая уверенность — разные состояния. Числа и окраска относятся к выбранной модели источника

Учебный случай: у двух доменов высокая локальная оценка pLDDT, но PAE между ними велик. Подходящий вывод: форма отдельных доменов предсказана увереннее, чем их взаимное положение. Называть всё расположение доменов экспериментально подтверждённым нельзя. Если для области нет координат, отметьте отсутствие покрытия отдельно от области с низкой уверенностью предсказания.